Nieksięgowanie faktury może prowadzić do poważnych konsekwencji zarówno finansowych, jak i prawnych. Może to skutkować błędnym obliczeniem podatku dochodowego czy VAT, co może z kolei prowadzić do nałożenia kary finansowej przez organy podatkowe. Dodatkowo, niezaksięgowanie faktury zakłóca prawidłowe odzwierciedlenie sytuacji finansowej przedsiębiorstwa w jego księgach, co może wprowadzić w błąd zarówno inwestorów, jak i inne zainteresowane strony. Niezgodność między faktycznymi transakcjami a tymi zaksięgowanymi w księgach może również wyniknąć w konsekwencjach prawnych, takich jak odpowiedzialność karna za fałszowanie dokumentów księgowych.