Aby wygenerować fakturę, korzystać można z wielu dostępnych na rynku programów do fakturowania. Do najpopularniejszych zaliczyć można Comarch ERP Optima – jest to zaawansowany system do zarządzania firmą, który umożliwia tworzenie różnych rodzajów faktur, takich jak faktura VAT, faktura korygująca, faktura proforma czy faktura marża. Inną opcją jest program wfirma.pl, który oferuje prostotę obsługi i jest dostępny przez internet, co pozwala na dostęp do dokumentów z każdego miejsca. Również program inFakt dostarcza komplet narzędzi potrzebnych do wystawiania i zarządzania fakturami.
Wszystkie te programy oferują funkcje takie jak automatyczne wystawianie faktur, obsługa walut obcych, a także przechowywanie i archiwizowanie faktur. Wybór odpowiedniego programu do fakturowania zależy od wielkości i specyfiki działalności firmy. Zawsze jednak należy pamiętać, że każdy program do fakturowania musi spełniać wymagania ustawy o podatku od towarów i usług. Wśród tych wymagań należy wymienić m.in. prawidłowe numerowanie faktur, zawarcie na fakturze danych identyfikujących sprzedawcę i nabywcę, a także szczegółowe przedstawienie transakcji, w tym podstawy opodatkowania, stawki podatku oraz kwoty podatku należnego.